Pantalica, e l’intera Valle dell’Anapo, offre una fauna ricca e interessante, sebbene fortemente depauperata rispetto ad un passato recente.
L’ambiente determina la presenza e la permanenza di varie specie di animali e regala così un habitat esclusivo, presente in altre pochissime zone in Sicilia.
Nel panorama dei mammiferi che hanno scelto Pantalica e la Riserva come residenza ideale, vista la ricchezza di acqua e cibo, le presenze di maggior rilievo sono la volpe, l’istrice, il riccio, la donnola, la martora; ancora domina la presenza di conigli, lepri e varie specie di pipistrelli.

Anche il mondo dei rettili è ben rappresentato: di interesse protezionistico la testuggine di Hermann, e altre specie di testuggini terrestri; ancora vi è la presenza di rospi verdi, rane, l’elegante biscia dal collare, il variopinto colubro leopardiano, considerato il più bel serpente europeo, la vipera, il colubro di Riccioli (Coronella girondica), un serpente diffuso in Sicilia, e altre specie di testuggini terrestri.                     
Variegato e ricco anche il regno degli anfibi, tra di essi ricordiamo il Discoglosso dipinto e la Raganella italiana, di abitudini prevalentemente arboricole.

Fra le argentee trasparenze del fiume guizzano e nuotano trote, tinche, anguille, granchi di fiume che certificano la pulizia dell’habitat con la sua nutrita presenza.
Sul pelo di queste acque si muove un universo d’insetti, elegantissimi nelle loro livree colorate come, ad esempio, le magnifiche tonalità cromatiche della farfalla Vanessa Atalanta, conosciuta come Vanessa vulcano.

Gli svolazzi non si fermano certo qua. A parte il fatto che è tornata a far vedere la sua presenza l’, certamente di casa, sono gheppi, falchi, poiane, così come allocchi, assioli, barbagianni, upupe e civette.

Mentre aumenta il numero dei falchi pellegrini e dei corvi imperiali che scelgono questa vegetazione per nidificare; bisogna essere ben orgogliosi di annotare la presenza, seppur ancora rara, di codibugnoli e coturnici, e di ricordare come il cielo e la vegetazione siano pieni di canti e cinciallegre, grazie alla presenza di pettirossi, cardellini e capineri.

Sebbene poco appariscente, riveste grande importanza anche la fauna invertebrata, che comprende elementi come il coleottero pselafide, ed endemismi iblei quali il tricottero e il plecottero.

Se la fauna è tanto variegata, la flora non è certo da meno.
Nei circa 2600 ettari di area demaniale, comprendenti l’altura di Pantalica e la Valle dell’Anapo, si trovano all’incirca 700 specie di piante.
Grazie anche al clima piuttosto mite, l’intera zona rappresenta lo scrigno ove si rifugia la tipica vegetazione mediterranea presente sugli Ibei.
Innanzi tutto, è importante segnalare che l’area protegge una delle rarissime zone in cui il platano orientale (Platanus orientalis), maestoso albero caducifoglio, riesce ancora a mettere radici; una pianta, presente a Pantalica, anche con qualche rarissimo esemplare di grandi dimensioni.
A parte questo, la zona è un tripudio di piante d’ogni specie e di fiori dai mille colori.

I versanti della vallata sono coperti da estese, dense leccete; il leccio (Quercus ilex), è spesso accompagnato da altre specie presenti fra queste: il doronico orientale (Doronicum orientale), il faggio, la felce scolopendria ( Phyllitis scolopendrium), la follirea, la clematide ed il carpino nero (Ostryua carpinifolia), piuttosto raro in Sicilia.

La lussureggiante e fitta vegetazione presenta ancora oleandri, querce, salici, pioppi neri, ornelli, carpini, roverelle, alterni, filliree, ferula (Ferulago nodosa), esclusiva degli iblei orientali.
Vi crescono pioppi, terebinti, lentischi e una quantità infinita di edere, rovi e tamerici; arbusti presenti nel sottobosco sono anche il pungitopo, il biancospino.

Giunchi d’acqua e menta acquatica si rintracciano più facilmente nei pressi di laghetti e piccole cascate; eufobie e ginestre si impossessano delle rocce che si tuffano tra i canyon, proprio come mirti, timi e piante di cappero.
Carrubi e perastri suddividono in altre mille tonalità il verde dominante.

E poi i fiori. Ricca la vegetazione anche nel settore flogistico; troviamo spesso anche intere distese di ciclamini, margheritine di campo, ranuncoli dalla gialla corona, ed ancora la rosa di San Giovanni, il cisto, l’orchispapilio, la carlina, l’ophrisluciflora.